Харацай – старинное казачье село. Первоначальные записи и упоминания о нем в «Исторических записках в Кяхтин-
ской границе, составленной советником троицко-савского пограничного правления Сычевским в 1846 году» гласят, что «9 маяк был поручен Култуцкого зимовья ясашным тунгусам: шуленге Тонуму Табитуеву, да Чинек Заргунгаеву, и при них улусных людей пять человек; оным определено пограничное смотрение до указу, а оные поставлены на устье речки Харцагая, письменный акт об
установке пост-маяка заключен 18 октября 1727 года».
В тех же записках Сычевского от 1846 года говорится, что « Крепость Харацайская, есть форпост на реке Джида, учрежденная в 1773 году при Иркутском губернаторе Брилеме, число служивых:
Из них русских чиновников – 2 чел.
Нижних чиновников – 38 чел.
Из инородцев: нижних чиновников – 16 чел.»
В 1860 году крепость переименована в Атамано-Николаевскую станицу, которая в 1930 году была преобразована в колхозы «Путь Ленина», «Возрождение», в 1959 г. образован колхоз «Красный Октябрь». В 1968 г. создан совхоз «Харацайский», а с 1994 г. создана самостоятельная администрация. С января 2006 года реорганизована в сельское поселение «Харацайское »
История просвещения села уходит в далекое прошлое, когда по Указу Его Императорского Величества Александра I от 15 января 1802 г. была построена Харацайская Вознесенская церковь. Именно они, первые священнослужители, несли в народ «слово божие», обучали детей церковной грамоте. Первым священником был Василий Карнаков, который был направлен Иркутской духовной консисторией 9 октября 1807 года. В 1864 году была открыта «Казачья полковая школа». Одним из первых учеников, окончивших ее, был Е.И. Горбачев. 28 февраля 1892 года полковая школа была преобразована в Церковно-Приходскую школу. Одними из первых выпускников этой школы являлись Алексей и Иннокентий Сокольниковы, Иван Жаркой, а также Карнаков Михаил Федорович, потомственный казак, который проработал в родной школе с 1917 по 1942 годы. Заведовал школой Григорий Затопляев. В 1919 году школа преобразована в Начальную. Первой заведующей работала К.П. Зимина- выпускница Троицкосавской женской гимназии. Одним из первых выпускников был Дубровский Василий Иванович- заместитель председателя Совета министров Бур. АССР, второй секретарь обкома партии, советник посольства СССР в МНР, министр производства и заготовки сельхопродуктов, секретарь Президиума Верховного Совета Бур. АССР пяти созывов и Верховного Совета РСФСР. В 1968 году в селе открылась 8-летняя школа, директором которой работала Е.Ч. Жамсаранова, отличник народного просвещения РФ до 1985 года. В 2000 году школа была преобразована в среднюю, директором был назначен отличник народного просвещения РФ Ж.Ц. Гармаев.